不同的合作模式对于合作双方意味着不同的权益与责任。相对而言，协作与托管模式为松散型合作，双方合作门槛较低，合作紧密程度较低，通常为学科或者科室合作，不涉及较为深度的利益分配及经营管理。而合作模式与全资模式则是紧密型合作，合作门槛较高，紧密度也高。合作初期双方通常需要进行反复论证、评估、准备与谈判，签署合作协议，对双方的权益和责任，以及分院的管理等方面进行详细的约定。
1、协作模式
发展及优势分析。目前我国医疗合作大部分采用的是协作模式，其中医联体模式运用较为广泛。医联体有利于实现医疗资源共享、便于双方取长补短、且合作成本相对较低，因此发展很快。医联体已由早期简单的远程协助、纵向医联体发展为跨省医联体。以北京儿童医院医联体集团为例：北京儿童医院在全国儿童医院中处于领先地位，但是医疗行业发展日新月异，医院想要更快的发展也不能固步自封，需要注入不同的新鲜血液；而且就空间而言，北京儿童医院位于北京二环边，未来发展空间受限，而医联体的另一方是郑州市儿童医院占地20万平方米，一期床位1 000张，二期床位2 000张，医院环境优美，利于患者治疗。合作双方取长补短，共同发展。
运营管理及利益分配。协作模式的远程会诊是建立在高科技基础上的便利医疗方式，医生无需异地亲临现场，节约专家时间成本，双方通常不涉及运营管理。如目前北京中日友好医院、四川大学华西医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属中山医院等建立了较多的同区或跨区医联体，定点帮扶、对口支持地区级或民营私立性质医院。远程协作通常按照合作协议规定采用按次等方式收取会诊费方式进行利润分配，少数医院也采用年度收取合作费等方式进行分配。
医联体模式是互动更为频繁的合作方式，成立区域医联体，通过双向转诊，能够有效对病人和医疗资源进行二次分配，达到医疗资源共享、优势互补。目前加入医联体的医院相对较多，如四川大学华西第二医院、北京大学第三医院、中国医学科学院肿瘤医院深圳医院、北京中日友好医院、西安交通大学附属第一医院、西安交通大学附属第二医院等。医联体模式下公立医院选派专家进行现场业务指导和帮扶或开展委托项目等，一般不涉及收入分配，只收取少量固定的合作费用或者专家费用。
2、托管模式
发展及优势分析。托管模式的合作一方一般为大型公立医院，另一方分为政府或公立医院、社会资本、事业单位等3种情况。根据目前资料统计，与政府或公立医院托管合作的公立医院相对较多，如北京大学第三医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院、山东大学齐鲁医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院、西安交通大学附属第一医院、西安交通大学附属第二医院等；与社会资本进行托管合作的相对较少，如四川大学华西医院等；与事业单位进行托管合作的相对也不多，如四川大学华西医院、复旦大学附属肿瘤医院等。托管模式对于托管分院引进大型公立医院先进的医疗技术、提升管理能力、加强学科建设、规范医疗行为等方面有较大提升，能取得较好的经济效益和社会效益。
运营管理及利益分配。与政府、公立医院合作进行托管模式下，一般而言，托管分院人员、财产独立，收支核算独立，房屋、设备、仪器等大多归被托管主管单位所有，托管期间产生的债权、债务、资产、收益等归托管分院独立承担和支配。大型公立医院一般或按照一定收入比例收取管理费，或要求托管分院支付派遣专家固定的工资薪酬费用等方式进行利益分配。
与社会资本进行托管的模式下，一般由社会资本（企业、公司）作为投资方负责医院的基础建设和固定资产购置，大型公立医院通常只负责或者参与经营管理。托管分院进行独立的收支核算，利润分配可采取收取定额或浮动管理费、按照收入增加的比例收取费用等方式。
3、合作模式
发展及优势分析。合作模式为相对紧密型的合作方式。合作办医一方主体大多为在国内知名的大型三甲公立医院，另一方多数为省市级政府、大学，少量为外资等社会资本。根据相关资料查询，目前与政府大学合作的医院相对较少，如：中国医学科学院肿瘤医院、中山大学附属第三医院等；与外资等社会资本合作的医院相对较多，如四川大学华西医院、山东大学第二医院、北京大学第三医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属妇产科医院、中山大学附属第三医院、复旦大学附属肿瘤医院等。
合作模式通常为深度合作，大多为政府等部门出于加强地方医疗卫生建设，改善或缓解该地区看病难、住院难等问题等目的，与国内知名大型公立医院合作，引进对方一流的技术团队和管理团队，对于实现该区域医疗卫生大跨步发展、短期内实现弯路超车具有重要的意义。
运营管理及利益分配。一般而言，合作模式下，采取所有权与经营权相分离方式。由政府、大学或者外资等社会资本负责合作分院的房屋及建筑物建设，并按照合作公立医院的要求进行施工建设，政府、大学或者外资等社会资本拥有合作分院的资产所有权，合作分院拥有资产的使用权和经营管理权。合作的公立医院将派遣本院专家和管理团队长期进驻合作分院开展业务，进行经营管理。合作模式下，利润分配较为复杂。合作分院多为独立法人，政府、大学或外资等社会资本方与合作的大型公立医院共同推选出代表组成合作分院的领导决策班子。合作分院实行财务独立核算，分院的经营结余用于合作分院的维护、建设与发展，一般不得转移或挪用。
4、全资模式
发展及优势分析。全资模式对合作双方的关系而言最为紧密。合作一方为国内知名的大型公立医院，另一方或为公立医院扩张规模，异地重建，或为地方性小医院，经营管理欠缺，亟待被吸收兼并。全资模式多为空间受限，异地重建，少数为吸收兼并。如：北京协和医院的西院区、中山大学附属第二医院博济医院、吉林大学第二医院的青年院区等均为国内知名大型公立医院整体接受地方医院。
运营管理及利益分配。全资模式下成立的子医院通常为非独立法人，或不进行独立核算，财务收支纳入母医院统一财务管理；或独立核算，期末编报合并财务报表。子医院所有人财物归母医院所有，母医院享有子医院的债权债务及资产收益。
