溶栓治疗是高危肺栓塞患者的一线治疗方案，主要适用于大面积肺栓塞病例。对于次大面积肺栓塞患者，若无禁忌证可考虑溶栓；对于血压和右心室运动功能均正常的病例，不宜溶栓。由于可能发生不可逆性的心源性休克，溶栓治疗应尽快实施。对于某些高危患者，即使无低血压，如经评估出血风险较小，仍建议给予溶栓治疗。是否采取溶栓治疗取决于临床医生对肺血栓栓塞症的严重程度、患者预后及出血风险的评估。
我国临床上常用的溶栓药物有尿激酶、链激酶和rt-PA以及r-PA。
溶栓禁忌证
溶栓时间窗
肺组织氧供丰富，有肺动静脉、支气管动静脉、肺泡内换气三重氧供，肺梗死的发生率低，即使发生也相对较轻。急性肺栓塞溶栓治疗的主要目的是尽早溶解血栓，减轻血管内皮损伤，减少慢性血栓栓塞性肺高压的发生。急性肺栓塞发病48小时内开始行溶栓治疗，疗效最好，对于有症状的急性肺栓塞患者在6~14天内溶栓治疗仍有一定作用。
抗凝疗法为急性肺栓塞的基本治疗方法，可有效防止血栓再度形成和复发。同时可为机体发挥自身的纤溶机制溶解血栓创造条件，有效阻止静脉血栓的进展，预防早期死亡和深静脉血栓形成复发。抗凝血药物主要有普通肝素、低分子肝素和华法林。
肠道外抗凝剂对于高或中度临床可能性的患者，等待诊断结果的同时应给予肠道外抗凝剂。普通肝素、低分子量肝素或磺达肝癸钠均有即刻抗凝作用。初始抗凝治疗，低分子量肝素和碳达肝癸钠优于普通肝素，发生大出血和肝素诱导血小板减少症的风险也低。而普通肝素具有半衰期短，抗凝效应容易监测，可迅速被鱼精蛋白中和的优点，推荐用于拟直接再灌注的患者，以及严重肾功能不全或重度肥胖患者。低分子量肝素和普通肝素主要依赖抗凝血酶系统发挥作用，如有条件，建议使用前和使用中检测抗凝血酶活性，如果活性下降，需考虑更换抗凝药物。
普通肝素
静脉滴注，抗凝必须充分，否则将严重影响疗效，增加血栓复发率。在初始24小时内，需每4~6小时测定活化的部分凝血活酶时间(APTT)1次，并根据该时间调整普通肝素的剂量，使其尽快达到并维持于正常值的1.5~2.5倍。应用普通肝素可能会引起血小板减少，在使用的第3~5天必须复查血小板计数。若需较长时间使用普通肝素，应在第7~10天和14天复查血小板计数，普通肝素使用2周后则较少出现血小板减少。若患者出现血小板计数迅速或持续降低>50%，或血小板计数<100×10^9/L，应立即停用，一般停用10天内血小板数量开始恢复。
低分子量肝素
所有低分子量肝素均应按体重给药。一般不需常规监测，但在妊娠期间需定期监测血浆抗Xa因子活性，其峰值应在最近一次注射后4小时测定，谷值应在下次注射前测定。
磺达肝癸钠
磺达肝癸钠是选择性Xa因子抑制剂，皮下注射，每天1次，无须监测。其清除随体重减轻而降低，对体重<50kg的患者慎用。严重肾功能不全的患者，可造成磺达肝癸钠体内蓄积而增加出血风险，应禁用。中度肾功能不全的患者应减量50%。
应尽早给予口服抗凝药，最好与肠道外抗凝剂同日。50多年来，维生素K拮抗剂一直是口服抗凝治疗的基石，其中以华法林为国内最常用。
华法林
通过抑制依赖维生素K凝血因子(Ⅱ、V、Ⅷ、X、X)合成发挥抗凝作用。通常初始与普通肝素、低分子量肝素或磺达肝癸钠联用。某些患者如老年、肝功能受损、慢性心力衰竭和出血高风险患者，初始剂量应适当降低。为达到快速抗凝的目的，应与普通肝素、低分子量肝素或磺达肝癸钠重叠应用5天以上，当国际标准化比值(INR)达到目标范围2.0~3.0并持续2天以上时，停用普通肝素、低分子量肝素或磺达肝癸钠。
新型抗凝药物
近年来大规模临床试验为非维生素K依赖的新型口服抗凝药用于急性肺栓塞或深静脉血栓形成急性期治疗提供了证据，包括达比加群、利伐沙班、阿哌沙班和依度沙班。达比加群是直接凝血酶抑制剂，利伐沙班、阿哌沙班和依度沙班均为直接Xa因子抑制剂。目前这类药物在主要有效性事件方面不劣于华法林，而主要安全性事件发生率更低。但以上4种新型口服抗凝药均不能用于严重肾功能损害的患者。新型口服抗凝剂价格昂贵，且无拮抗剂，虽然2009年就已经批准利伐沙班预防关节置换后的深静脉血栓形成，但2015年刚在中国批准治疗DVT预防急性肺栓塞的适应证，因预防和治疗剂量不同，目前仅在少数大的医学中心使用，尚需积累更多的安全性和疗效的数据。
抗凝治疗时程，急性肺栓塞患者抗凝治疗的目的在于预防深静脉血栓复发。目前证据表明急性肺栓塞患者应接受至少3个月的抗凝治疗。抗凝治疗6~12个月与3个月相比患者急性肺栓塞复发风险相似。长期抗凝可降低深静脉血栓复发风险约90%，但同时大出血风险每年增加1%以上，长时程抗凝治疗应因人而异。
