造血干细胞和先祖细胞产生主要血液谱系细胞，离不开骨髓中间质细胞的支持。这些间质细胞组成多细胞的微生态，产生细胞因子(cytokines)，趋化因子(chemokines)，粘附分子(adhesion molecules)和其他的因子，调节血液细胞的自我更新和分化。因此定义微环境的细胞组成，它们在组织中的位置以及它们分泌的信号因子对于理解骨髓如何保障造血平衡是比较重要的。对骨髓微环境的细胞组成和结构的深入研究主要集中在对造血干细胞生态位的研究。在这些研究中，荧光报告被用于观察HSC的定位以及它们相关的候选生态位细胞，以及对特定的间质细胞进行条件消融或者细胞特异性敲除调控因子来鉴定关键的因素。在这些和其他研究中，现在认识到大部分HSCs位于窦(sinusoids)和巨核细胞(megakaryocytes)附近，少部分位于小动脉(arterioles)和骨内膜(endosteum)附近。内皮细胞(endothelial cells)的不同亚型、血管周细胞(perivascular cells) 和其他间质和造血细胞已经被鉴定为这些HSC生态位的组成成分，并且对生态位的作用具有重要贡献。然而，对于窦、小血管和骨内膜的细胞组成和一些重要调控细胞因子（如CXCL12和SCF）的来源仍然存在争议。尽管该领域的主要焦点一直是HSC生态位的鉴定，但也有证据表明存在特定对于谱系化的先祖细胞的生态位，但是这些问题仍然不清楚。这篇文章结合单细胞和空间解析转录组学来系统地绘制了不同骨髓微环境的分子、细胞和空间组成，以及对主要的骨髓细胞类型进行转录组分析，确定它们的细胞定位和阐明造血因子的来源。
首先是通过单细胞RNAseq来鉴定和刻画BM常驻细胞类型。通过基于液滴的单细胞RNA测序(droplet-based RNAseq)刻绘了骨髓的细胞组成，通过流式分选对稀有细胞的优化，最终捕获到了7497个细胞，获得了32个不同细胞类型和分化阶段的细胞图谱（fig1），包括免疫细胞群体、HSPC、间充质细胞群体。针对稀有的细胞亚群，作者也进行了进一步的鉴定，鉴定出了两个内皮细胞亚群（endothelial cell，EC），包括高表达Encb的窦（sinusoidal）EC和Ly6a的小动脉（arterial）EC（fig2a、2b）。进一步研究主要集中在主要的造血干细胞和间质细胞谱系。这些初步分析解释了骨髓间质细胞的高度异质性。
