DNA Select & RNA Free的动物组织DNA提取新方案助力高质量重测序分析
基因组重测序（Re-Sequencing）是对已知基因组序列信息的个体进行测序，可在此基础上对个体或群体进行基因型差异性分析。基因组重测序主要用于辅助研究者发现大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）、插入缺失（InDel，Insertion/Deletion）等变异位点，以高效准确获得生物群体的遗传特征，并方便进行全基因组关联性分析（GWAS）,在人类疾病和动植物育种研究等方面意义重大。
动物重测序是对有参考基因组的动物物物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。基于此技术，可以快速发现与动物重要性状相关的遗传变异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测，是动物育种和群体进化研究迅速有效的方法。
在动物分子育种领域，动物组织相比与动物全血样本更容易获得，采样方便，且成本低。常规动物组织运输使用无醇乙醇保存或干冰或蓝冰运输。经无水乙醇保存的样本送到实验室后一般在室温下储存，经干冰或蓝冰运输的动物组织样本送到实验室后一般至于零下20度进行保存。因取样部位、运输保存等各个环节问题，动物组织中DNA经常会出现降解，出现拖带的情况，这对下游需要高质量DNA样本的重测序是不利的。此外，动物组织中相比与全血样本含有丰富的RNA，必须在提取过程中进行去除，通常我们使用RNase A消除RNA的干扰，但这对于大规模动物育种而言增加了操作的时间和步骤。
针对上述情况，白垩纪推出无需RNase A即可消除RNA的动物组织DNA提取方案，此外，我们对DNA的片段进行选择性结合，不结合或少结合碎片化的DNA，这保证了提取DNA的完整性。有利于下游重测序分析的结果的数据可靠。
重测序样本要求
动物组织样品：
新鲜动物组织干重≥0.5g（无水乙醇保存或干冰蓝冰运输）
DNA样品要求：
1. DNA总量≥2μg，浓度≥20ng/μL；
2. OD260/280介于1.8-1.95之间；
3. 电泳检测无明显RNA污染，基因组条带清晰、完整，无降解；
本产品适用于从哺乳动物、鱼类、虾类等各类动物的组织样本（如：肌肉组织、内脏组织、鼠尾等）或细胞样本中，提取基因组DNA。试剂盒采用了磁性纳米颗粒固相核酸富集技术，配合精心研制的Buffer体系组合而成。所得产物可直接用PCR、qPCR、核酸质谱分析、芯片分析和NGS等下游分子生物学实验，整个操作过程简便、快捷。本试剂盒可在离心管中手动法操作，也可配合磁转移法核酸提取仪使用，实现自动化操作。
适用样本类型：动物组织、血卡、培养细胞、革兰氏阴性菌
本产品可提供瓶装试剂和预装试剂两种规格，其中预装试剂分为适用于32位核酸提取仪和96位核酸提取仪。
动物组织DNA提取优势
1. 无RNA残留：无需RNase A 处理步骤即可去除RNA；
2. DNA片段选择性结合：不结合或少结合已降解碎片化DNA ，保留清晰的DNA主带，保障提取DNA的完整性；
3. Q/N高：提取产物中DNA占比高，Q/N（Qubit/Nanodrop比值接近1.0）；
4. 纯度高：A260/280＞1.8，A260/230＞1.8。
竞品对照（猪耳朵组织）
使用30mg左右的猪耳朵样本（蓝冰运输后4度保存1个月左右）使用3种方案提取DNA，Supplier A提供的磁珠法动物组织DNA提取方案未使用RNase A，提取完成的凝胶成像显示有RNA的残留，且存在明显的拖尾现象，DNA碎片化严重；Supplier B提供的磁珠法动物组织DNA提取方案使用RNase A处理步骤，在提取过程中去除了RNA， 但未能去除已降解/碎片化DNA。白垩纪提供方案不仅不结合RNA，且通过DNA片段选择技术，不结合或少结合已降解/碎片化DNA，获得了完整的清晰的DNA主带。
竞品对照（细胞）
使用新鲜培养的293细胞，取不同的细胞数量，使用2种方案提取DNA，竞品A提供的细胞DNA提取方案未使用RNase A，提取完成的凝胶成像显示有RNA的残留，Nanodrop显示A260/280在2.0附近。白垩纪提供方案无需使用RNase A，不结合RNA，获得了完整的清晰的DNA主带。
案例分析（陈旧或保存较差猪耳朵组织）
某客户处有存储时间较长的猪耳朵样本，在无醇乙醇保存条件下室温储存超过3个月的样本以及未含有保存液的组织块样本在4℃下保存超过12个月，通过本方案进行DNA提取后，通过凝胶成像发现，依旧可以获得完整、清晰的DNA主带。
案例分析（鸡血卡与深海水产动物组织）
某客户处有新鲜制备的鸡血卡（一周以内）以干冰寄送的新鲜深海鱼鳍和鱼内脏，使用竞品A公司提供的动物组织和血卡试剂盒提取以及用白垩纪的本方案进行提取，通过凝胶电泳成像发现，竞品A与与白垩纪提供的本方案提取鸡血卡DNA质量接近，而对于新鲜的深海水产鱼鳍样本，竞品A提取后有RNA的残留，而白垩纪方案则获得了无RNA残留的完整DNA。深海鱼内脏样本显示竞品A获得的核酸不仅有RNA残留且有明显的拖尾现象，而白垩纪方案则获得了无RNA残留的较为完整的基因组DNA主带。
案例分析（陈旧猪血卡）
某客户处有存储时间较长的猪血卡（约1-2个月），使用竞品B的血卡试剂盒提取后基因组DNA主带不清洗，弥散严重，而通过白垩纪方案提取的猪血卡DNA，获得了较为完整的基因组DNA，对弥散的已经碎片化的DNA结合较少。
案例分析（陈旧猪尾巴）
某客户处含有在无水乙醇中储存3个月左右的猪尾巴样本，使用约50mg左右的样本通过竞品D提供的动物组织DNA提取试剂盒提取弥散的已经碎片化的DNA，而通过白垩纪方案提取的获得了较为完整的基因组DNA主带，从NanoDrop数据显示，浓度较竞品D略低，这是因为白垩纪方案对DNA片段在结合过程中进行了选择，较少结合已经碎片化的DNA。
预告！
白垩纪研发人员正在将DNA Select & RNA Free的DNA提取技术应用于植物基因组DNA、土壤微生物DNA、粪便微生物DNA等各种样本类型提取领域，为NGS带来更可靠的样本前处理技术！
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